Namun kesolidan ganda putra unggulan ini terhenti pada Agustus 2012. Saat itu, Hendra Setiawan memutuskan kembali ke Pelatnas Cipayung.
Selepas kepergian Hendra, Markis bermain di dua nomor, yakni ganda putra dan campuran. Untuk ganda campuran, dia dipasangkan bersama sang adik Pia Zebadiah.
Kombinasi saudara pebulutangkis ini mengawali langkah mereka di ajang Djarum Indonesia Open 2012. Penampilan gemilang ditunjukkan pasangan ganda campuran unggulan peringkat tujuh dunia ini ketika sukses menjadi juara Yonex Sunrise Vietnam Open GP 2012.
Sedangkan di nomor ganda putra, ia hadir bersama Alvent Yulianto. Keduanya sukses menembus babak ketiga Kejuaraan Dunia 2013.
Baca Juga:Markis Kido Wafat, Hendra Setiawan Beri Ucapan Menyentuh Kalbu
