Setelahnya pengaruh Islam masuk ke dalam tata pemerintahan Kerajaan Kutai secara mendalam maka nama Raja berubah sama sekali, demikian juga gelarnya.
Sejak itu "ing Martapura" tidak dipakai dan yang dipakai ialah gelar al Khalifatul Mu'minin.
Kesimpulannya, kerajaan yang berdiri sejak abad V di pedalaman Mahakam bernama MARTAPURA.
Sementara kerajaan yang berkedudukan di muara sungai Mahakam sejak abad XIV bernama KUTAI KERTANEGARA.
Baca Juga:BMKG: Jumlah Titik Panas Kaltim Turun Jadi 28
Kemudian sesudah Kerajaan yang berpusat di pedalaman itu ditaklukkan dan disatukan dengan kerajaan pantai pesisir itu, maka dinamakan KERAJAAN KUTAI KERTANEGARA ING MARTAPURA dalam abad XVII atau 17.
