Di era Liga Indonesia, Putra Samarinda sempat eksis lalu berganti nama menjadi Persisam Putra Samarinda di era ISL. Ini merupakan hasil merger dari Persisam Samarinda dan Putra Samarinda.
Hanya saja pada 2015 mereka meninggalkan Kalimatan karena pemilik klub ini, Harbiansyah Hanafiah, menjual lisensi klub ke Pieter Tanuri yang kini mengubahnya menjadi Bali United.
3. PKT Bontang
Klub asal Kalimantan yang pernah tersohor karena stadionnya yang ikonik ini sudah berdiri sejak 18 Juni 1988. Awalnya klub ini bernama PS PKT Bontang yang dimiliki BUMN PT Pupuk Kaltim.
Prestasi PKT Bontang tak main-main. Mereka dua kali menjadi runner-up Galatama dan menembus semifinal Piala Winners 1991-92.
Nama besar PKT Bontang mulai sirna sejak dikelola Pemkot Bontang dan berubah nama menjadi Bontang FC pada 2009. Mereka kini berkompetisi di Liga 3.
4. Mitra Kukar
Mitra Kukar memang bukan asli berdiri di Kalimantan. Klub ini berawal dari Mitra Surabaya yang pindah ke Kalimantan pada 2001 dan berubah nama menjadi Mitra Kalteng Putra.
Setelah pindah ke Kalimantan Timur pada 2003, klub ini berganti nama menjadi Mitra Kukar. Sempat menjuarai Piala Jenderal Sudirman 2015, Mitra Kukar terpuruk di era Liga 1.
Usai turun kasta ke Liga 2 pada 2018, Mitra Kukar belum berhasil kembali lagi ke kasta tertinggi sepak bola Indonesia. Kini mereka masih berjibaku di Liga 3.
