Pada tahun 1999, terdapat pemekaran wilayah menjadi 3 Kabupaten (Kutai, Kutai Barat, Kutai Timur) dan 1 Kota (Bontang), dan sejak 2002 Kabupaten Kutai berganti nama menjadi Kabupaten Kutai Kartanegara.
Secara administratif, Kabupaten Kutai Kartanegara terbagi dalam 18 wilayah Kecamatan dan 238 desa/kelurahan. Kabupaten ini memiliki luas wilayah 27.263,10 km2 dan luas perairan lebih dari 4000 km2.
